Da un punto di vista ecologico, un habitat è definito come un ambiente particolare che si distingue per le sue caratteristiche abiotiche (natura del fondo, idrodinamica, temperatura, salinità, ecc) e le diverse specie che lo popolano.
Il programma GHOST MED si concentra sulle zone costiere e in particolare sugli habitat bentonici come il fango, la sabbia, la ghiaia o i ciottoli, le rocce, le rocce coralligeni, i relitti e i prati di posidonie.
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È anche comune trovare attrezzi da pesca persi in habitat profondi come i canyon sottomarini.